一个完整的企业知识图谱的构建过程包括：本体构建、知识获取、知识融合以及知识数据的存储及应用。
知识融合以及知识数据的存储及应用这两个阶段的难点在于：涉及到多个数据源的数据进行大量的关联操作，复杂关系的查询对于关系型数据库来说是巨大的挑战。相对于关系型数据库表关联消耗大量的硬件资源和计算时长，图数据库以“图数据结构”来存储和计算数据，它将实体与实体之间的关系以免索引链接的方式进行组织、索引和存储，这种数据结构在大规模知识图谱上的查询和搜索效率得到了显著提高。
图数据库的设计非常灵活，当加入新的属性或数据时，不需要重构网络。此外，图数据库的可视化功能可以为系统前端带来直观的关系展示，更好地提升用户体验。